เครื่องดนตรีของหนังตะลุงจังหวัดตราดประกอบด้วย  ซอด้วง 1 คัน และขลุ่ยเพียงออ 1 เหลาเพื่อสร้างทำนองเพลง  เพลงที่บรรเลงเป็นเพลงไทยเดิมอัตรา 2 ชั้นหรือชั้นเดียว  ส่วนเครื่องประกอบจังหวะประกอบด้วยกลองโทน(ทับ) 2 ใบ แบ่งเป็นตัวผู้และตัวเมีย กลองตุ๊ก 1-2  ใบ และฉิ่ง 1คู่การบรรเลงเพลงยังคงทำนองแบบดั่งเดิมไว้ต่อมานำเพลงสากลเข้ามาประยุกต์กับการแสดงด้วยโดย ใช้เครื่องดนตรี ชุดเดิม

       การบรรเลงนั้นใช้ความสามารถเฉพาะตัวของผู้บรรเลงโดยใช้ซอและขลุ่ยเป็นเครื่องดำเนินทำนองเพลง ผู้เล่นซอและขลุ่ยจึงต้องมีความสามารถในการจดจำทำนองเพลงและมีความสามารถในการเล่นเพลง เพลงส่วนใหญ่ใช้เพลงไทยเดิมอัตรา 2 ชั้นและชั้นเดียว และนำทำนองเพลงสากลเข้ามาร่วมบรรเลง บ้างในโอกาสการแสดงที่เหมาะสม ใช้กลองตุ๊กเป็นเครื่องกำหนดการเปลี่ยนแปลงทำนองเพลง ผู้บรรเลงคนอื่นๆ จะฟังเสียงสัญญาณจากผู้ตีกลองตุ๊ก โดยสรุปหนังตะลุงจังหวัดตราดยังคงเอกลักษณ์ด้านดนตรีตามรูปแบบเดิม สำหรับหนังตะลุงภาคใต้เครื่อง ดนตรีในอดีตเรียบง่าย ประกอบด้วย ทับ(โทน) กลอง โหม่ง และฉิ่ง  ต่อมาจึงนำปี่และซอมาร่มภายหลัง

       ทำนองเพลงการบรรเลงของเครื่องดนตรีหนังตะลุงภาคใต้  เป็นทำนองเพลงเอกลักษณ์ของภาคใต้   ใช้ปีและซอเป็นเครื่องดำเนินทำนองเพลงหลัก  การเปลี่ยนทำนองหรือเปลี่ยนจังหวะจะใช้ทับหรือโทนเป็นกำหนด     ทับจึงเป็นเครื่องกำกับจังหวะและท่วงทำนองที่สำคัญที่สุด  ผู้บรรเลงดนตรีชิ้นอื่นๆ ต้องคอยฟังจังหวะเพื่อเปลี่ยนทำนองเพลง เพลงทับที่นิยมใช้มีถึง 12 เพลง คือ เพลงเดิน เพลงถอยหลังเข้าคลอง  เพลงเดินยักษ์ เพลงสามหมู่ เพลงนาดกลายออกจากวัง เพลงนางเดินป่า เพลงสรงน้ำ เพลงเจ้าเมืองออกสั่งการ   เพลงชุมพล เพลงยกพล เพลงยักษ์ และเพลงกลับวัง  ผู้ชำนาญที่เรียกว่ามือทับเท่านั้นจึงสามารถตีทับครบ 12 เพลงได้ ทับหนังตะลุงมี 2 ใบ ใบหนึ่งเสียงเล็กแหลมเรียกว่า"หน่วยฉับ"  อีกใบหนึ่งเสียงทุ้มเรียกว่า"หน่วยเทิ่ง"  ทับหน่วยฉับเป็นตัวยืนทับหน่วยเทิ่งเป็นตัวเสริม  หนังตะลุงในอดีตมีมือทับ 2 คน   แต่เมื่อ 60 ปีมาแล้วใช้มือทับเพียงคนเดียว ใช้ผ้าผูกไขว้กัน บางคนวางบนขา บางคนวางขาข้างหนึ่งบนทับกดไว้ไม่ให้ทับเคลื่อน  การบรรเลงดนตรีหนังตะลุงแบ่งออกเป็น 2 ลักษณะ คือ  บรรเลงดนตรีล้วน เช่น ยกเครื่อง ตั้งเครื่อง ลงโรง  และบรรเลงเพลงประกอบการรับบท ขึ้นบท ถอนบท เลยบท เชิด   บรรเลงประกอบการขับกลอนแปด กลอนคำกลอน กลอนลอดโหม่ง ประกอบการบรรยายอิริยาบถของตัวละคร    และบรรเลงประกอบบทบาทเฉพาะอย่าง เช่น บทโศก ลักพา ร่ายมนต์ (สำนักงานคณะกรรมการวัฒนธรรมแห่งชาติ)

       ปัจจุบันหนังตะลุงภาคใต้นำเครื่องดนตรีสากลมาประยุกต์ร่วม เช่น กลองชุด กีตาร์ ออร์แกน เกิดกระแสวิพากษ์วิจารณ์ทั้งเห็นด้วยและไม่เห็นด้วย    แต่ที่เกิดผลตามมาคือต้องใช้ระยะเวลาการฝึกซ้อมมากขึ้น คณะหนังตะลุงมีคนจำนวนมากขึ้น การเดินทางต้องใช้พาหนะและค่าใช้จ่ายมากขึ้น  ทำให้ราคาค่าจ้างแสดงสูงขึ้น  จึงเกิดคณะหนังตะลุงรูปแบบใหม่ที่ใช้เสียงดนตรีซึ่งบันทึกไว้ในเทปหรือแผ่น CD เปิดในขณะแสดง ทำให้ค่าจ้างลดลง เป็นที่นิยมจ้างไปแสดงในงานแก้บน